役員報酬をゼロにすると社会保険資格喪失
年金事務所に報酬の変更届(ゼロ)を出しに行こうと思いましたが、この際電子申請をしようと思い、備忘録として載せておきます。
そもそも報酬が発生しないので変更届ではなく健康保険資格喪失届のようですね。

まずは社会保険料の支払いを辞めたい時の手続きをみておきましょう。https://kei178.me/accounting_tax/416/

社会保険関係の電子申請サイト
こちらのサイトが政府の電子申請ポータルサイトのようになっています。http://www.e-gov.go.jp/

e-govを利用する準備
まず、e-govの電子申請の利用準備をするフローをみておきましょう。ここで準備を完了しても電子証明書がないと申請できません。http://www.e-gov.go.jp/help/shinsei/flow/setup/index.html
ここにアクセスすると対応しているブラウザかどうか自動的にチェックしてくれます。ちなみにchromeは対応していません。
現在はIE11のみ対応しているようです。

電子証明書を取得する
さて、基本的に電子申請には電子証明書が必要になってきます。社会保険資格喪失届の電子申請には電子署名が必要なので電子証明書は取得しておく必要があります。http://www.e-gov.go.jp/help/shinsei/flow/setup04/index.html
電子証明書とは
電子証明書の取得についていろいろと書かれていますが、マイナンバーカードの電子証明書が一番手っ取り早いでしょう。

マイナンバーカードの電子証明書
マイナンバーカードには電子証明書と電子署名が格納されます。自分で電子定款を作った方はご存知かと思います。マイナンバーカードについて

マイナンバーカードがない、取得したくない方は電子認証局が発行している電子証明書を取得することになります。使える電子認証局の一覧などもe-govに記載されています。
マイナンバーカードを読み込む電子リーダー
カードがあってもリーダーがなければPCに情報を取り込めませんのでカードリーダーを用意しましょう。当然のことながらマイナンバーカードに対応しているものが必要です。電子認証局で新たに電子証明書を取得しようとしている方はカード型(IC型)ではないものを選ぶといいのかもしれません(試してないので推測ですが)。

公的個人認証サービス利用者クライアントソフトのダウンロード
通常、マイナンバーカードを電子申請などに利用する場合はこの公的個人認証サービスの利用者クライアントソフトをダウンロードしてインストする必要がありますが、e-gov利用にこれが必要かどうかは分かりませんでした。マイナンバーカードで電子定款を作った場合は既にインスト済みだと思うので関係ないですが、マイナンバーカードでe-govが利用できない場合はこのソフトをダウンロードしてみるといいかもしれません。

申請自体は楽ちん
とりあえず電子証明書などを用意したらいよいよ電子申請です。e-govの電子申請の利用準備をするページのようにやると簡単です。http://www.e-gov.go.jp/help/shinsei/flow/setup/
※社会保険資格喪失届に入力する際は当然ですが、社会保険の記号番号なども入力しますので保険証などを用意しておいたほうがスムーズだと思います。
保険証は別途郵送で返却する必要があるようです。また、今回提出がかなり遅延していたので役員報酬を変更した旨の決定書を添付しようと思ったのですが、一旦保存して再度入力する際は添付入力欄が消えていて添付できませんでしたので、添付書類がある場合は一気にやったほうがいいかもしれません。
※再度電子申請しようと試みたのですが、添付書類をどうしても添付することができませんでした(操作自体が分かりませんでした。)。
特に今回のような60日以上遡って届け出る場合は必ず添付書類が必要ですから、郵送あるいは窓口のほうがいいかもしれません。
電子申請で受付完了のメールがきても以下のようにシステムは受け付けられていても書類が不備で年金機構は受け付けていない可能性もあります。到達番号はあくまでシステムに到達したということであって、かつ審査完了のメールも審査が通らなかったという意味も含むものかもしれません(多分そうだと思います)。システムで状況照会ができますが、お問合せ番号がないと状況照会できませんから、必ず申請が完了した後の画面にひょうじされる番号をメモしましょう。なぜならこの情報はメールで送ってこないからです。

また、夜中に入力完了申請しても受付メールの類が翌日にきますが、私にきたメールには到達番号の記載はありましたが問合せ番号というのがありませんでした。e-govのシステムで状況照会をする時は到達番号と問合せ番号が必要です。申請完了した後の画面で受付番号みたいなやつが表示されるので心配な方はそれをメモっておくかキャプチャしておいたほうがいいかもしれません。以下のような状態になるかもしれないので必ずメモっておきましょう。
※追記
1週間ほどして資格喪失証明書を貰いに年金事務所に行ってみたら、申請が受理されていないとのこと。到達番号があれば調べられるとのことでしたが勿論覚えてません。郵送で再度行うことにしました。

電子申請はクラウドサービスを利用するのも手かも
それと、社会保険関係のクラウドサービスをやっているところでは電子申請もクラウド上からできるとこがあります。
電子証明書が必要なのは変わりありませんが、環境設定などはもしかするとe-govで直接やるよりやりやすいかもしれませんね。

電子申請は準備の段階でめんどくさくて挫折する人が多いと言われています。私もいまだに確定申告は郵送でやっているくらいですが、準備さえできていれば窓口に出向く必要もなくかなり便利だと思います。
ただ、全ての手続きができるわけではなく、イレギュラー、或いはマイナーな手続きは電子申請だと自分で調べて入力する必要がありますし、操作を間違うと二度手間になることもあり得ますから窓口で担当者と相対しながら手続きする方が結局早い、という場合もありそうですね。
私も今回決定書を添付し忘れましたし、それがどういう影響を及ぼすか分かりません。そもそも、社会保険資格喪失届の場合は健康保険証を返却しなければいけないので、郵送で返却する手間がかかりますから窓口が近場なら電子申請ではなく窓口に行った方が話が早いですね。

健康保険・厚生年金保険被保険者報酬月額変更届(単記用)

健康保険・厚生年金保険被保険者資格喪失届、船員保険・厚生年金保険被保険者資格喪失届

追記
結局郵送で資格喪失届け、及び決定書、賃金台帳を送付したところ約3週間ほどして資格喪失確認通知書が送られてきました。
資格喪失日は役員報酬をゼロに決定した日付で間違いありませんでした。
既に社会保険の請求自体はとまっていますが、返金して貰わないと意味がありません。もし返金して貰えないと事実上二重払いになってしまう可能性がありますね。