まず大まかな流れを概観してください。
①マイナンバーカード取得
(電子証明書が格納されます。役所で取得するときには電子証明書のパスワードを設定しますのでそれを忘れないようにしましょう。)
②カードリーダー準備
(マイナンバーカードをPCに読み込むためのカードリーダーを準備しましょう。マイナンバーカードに対応していないカードリーダーもあるので公式サイトで確認しておきましょう。→https://www.jpki.go.jp/prepare/reader_writer.html
私はこちらを購入しましたが問題なく使えました→ソニー 非接触ICカードリーダー/ライター PaSoRi USB対応 RC-S380
③公的認証 利用者クライアントソフトダウンロード
(これはマイナンバーカードなどに格納している電子証明書を読み込んで各公的サービスで利用できるようにするために必須のものです。公式サイトはこちらです→https://www.jpki.go.jp/download/index.html)
④アクロバットスタンダードを用意
※読めるだけのリーダーではなく書き込みができるスタンダードが必要です。(無料期間のある体験版でも電子署名できます。)
⑤PDF署名プラグインソフトダウンロード
(現在の仕様ではアクロバットをインストしていないとダウンロードできないと思いますのでアクロバットをインストしてからダウンロードするようにしてください。このプラグインがないとアクロバットで電子署名ができません。→http://www.touki-kyoutaku-online.moj.go.jp/download.html#PDFPlugin操作説明書もダウンロードしてよく読んでください。書いてある通りにしたほうが一番無難だと思います。)
⑥アクロバットで署名できるように設定
(イレギュラーな場合を除いてPDF署名プラグインソフトの操作説明書に書いてあるようにしたほうがいいと思います。)
⑦ワードなどで定款作成しアクロバットで読み込んでPDFに変換して電子署名する。
以上が大まかな流れで一見するとめんどくさそうですが特にコツがいるとかテクニックがいるということはありません。
気を付けなければいけない点としては色んなサイトでやり方を説明されていますが、情報が古かったり独自の方法を説明されていたりして断片的な情報をつなぎあわせてやっているとうまくいかないことがある点です。
また、PCのOSのバージョンやアクロバットのバージョンの相性などパソコン環境などの違いで微妙な違いがあるかもしれません。
私も最初は様々なサイトの情報を参考にしてやっていましたがアクロバットで電子署名ができるようにする設定のところで躓きましたが署名プラグインソフトの操作説明書の通りにやりましたらすんなりできるようになりました。
公式サイトを参考にしてそれでもできない場合に色んなサイトを参考にするほうがいいのかもしれません。
合同会社の場合は定款を公証人に認証してもらう必要がありませんから定款を公証人に送信する必要がありません。電子定款の作り方をネットで検索するとほとんどの場合が株式会社設立の場合の説明ですから公証人役場への送信まで説明されていますのでここも注意してください。
あくまでPDFの定款に電子署名するやり方は上記で終了となります。
株式会社などで公証人役場に送信する必要がある場合はこちらをご参考に→新宿公証役場~電子定款の認証
少し情報が古いかもしれませんが、作成のやり方から送信方法まで事細かに書かれています。